辣椒的主根不发达，根量少，根群大多分布于10-15厘米的表土层中，其根系既不耐旱，又不抗涝。根系再生能力比番茄、茄子弱，不耐浓肥。由于秋季气温高，追肥更不能太高浓度。
辣椒的落花、落果及落叶(通称“三落”)在秋季也容易发生，这是辣椒生产上的一个重要问题，对产量影响很大。“三落”的原因比较复杂。落花主要是由于高温影响了授粉，或者土壤和空气干旱，也是引起落花的原因;落果主要是氮肥过多或不足、枝叶徒长、光照不足等因素影响营养生长与生殖生长的平衡;落叶在四川地区发生较少，一般是由于病毒病的发生引起。
秋季辣椒的病害防治也很重要。高温干旱诱发病毒病的发生与蔓延，高温多雨也往往有病毒病流行。
