可与大葱、韭菜、辣椒等抗耐病蔬菜轮作，较少病菌携带。生产上育苗时要选择未受侵染的地块作苗床，用草炭、塘泥、稻田土等无病土育苗。播种前用新高脂膜拌种可保温、保湿、吸胀，提高种子发芽率，使幼苗健壮。
田间管理。根肿菌适宜在偏酸性土壤中生长，可施用消石灰提高土壤的pH值至中性，降低根肿病发病率。雨后及时排出田间积水，发现病株及时拔除并携出田外烧毁，病穴四周喷施护树大将军进行消毒杀菌。
药剂防治，发病初期浇灌15%恶霉灵水剂500倍液+根施通隔7天1次，连灌2～3次。并喷2-3次植物细胞免疫因子以寄主植物抗病机理及利用病菌毒性变异原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。
